Feina feta! Ja sóc Doctor!

El passat 25 de Febrer vaig superar la meva defensa de la tesi doctoral. El títol va ser " Computational Insights into Intergenic Regions and Overlapping Genes among Prokaryotes. Aquesta tesi ha estat desenvolupada en el Departament de Bioquímica i Biotecnologia de la Facultat de Química de Tarragona. Aquí us poso un petit resum en català sobre la tesi :

Computational Insights into Intergenic Regions and Overlapping Genes among Prokaryote Genomes

Tot i la gran varietat d’estils de vida de les espècies bacterianes, tots ells presenten trets arquitectònics comuns. En aquesta tesi s’estudia les regions intergèniques i els solapaments entre gens en els genomes procariotes.

Hem vist que per predir els orígens de replicació, a part de l’anàlisi de la composició de nucleòtids del DNA, es requereix experiments computacionals complementaris per aconseguir millors prediccions. Els solapaments entre gens acostumen a ser curts, respecten el codi genètic i es veuen influenciats per la pressió selectiva en contra de grans solapaments. En canvi, com més llarg és un solapament entre dos gens, més risc hi ha que una mutació pugui afectar a dues proteïnes de la cèl·lula al mateix temps. Hem detectat que els solapaments més llargs de 60 parells de bases són deguts a errors en la seqüenciació o en l’anotació dels gens. En quant a les regions intergèniques, hem vist que la presència d’una seqüència reguladora entre gens, com és la Shine-Dalgarno (responsable de iniciar eficientment la traducció de RNA missatger a proteïna) pot influir en la mida d’aquestes regions i afectar l’ús de codons d’aturada. Finalment, hem construït una aplicació web que permet estudiar fàcilment la conservació els solapaments en les espècies i les regions intergèniques en els genomes procariotes.

És difícil passar balanç de cinc anys de feina. Això és lo que he trigat en acabar el meu doctorat. És curiós perquè ara lo únic que m'omple és saber que ho he fet i ja he pogut passar pàgina. Que he complert amb mi mateix. Que jo mateix he desenvolupat una recerca amb resultats que sempre seran discutibles, però un ha recorregut un camí i ha lluitat fins al final per arrivar en les millors condicions. I sobretot i el que m'ha omplert més és que la meva família, pares, avis, nòvia i amics ho han pogut veure. Sí... he arrivat fins al final!

Ara, passant balanç es pot pensar en coses que s'haguessin pogut fer millor. Potser hi ha altre aspectes que ja han anat bé i altres que en tota la trajectòria no s'han pogut arreglar. Però és curiós, perquè tot això ara sembla passar a un segon terme. Qui s'enrecorda ara de les enrabiades per diversos temes...soletat, desorganització, frustració (sentir-se com una sardina dins un mar de taurons), pocs mitjans, etc... Ara tot això crec que va començar a difuminar-se just amb els aplaudiments del final de la tesi. Es difumina tot, però queda gravat en el disc dur de la consciència. Queda gravat que has patit, lluitat i conseguit un objectiu. En definitiva, he après alguna cosa.

Frase extreta del prefaci de la meva tesi:

"Life is a long lesson of humility" James Mathew Barrie (Scottish Dramatist and Novelist best known as the creator of Peter Pan, 1860-1937).


Volia expressar la meva opinió sobre què és una tesi per aquells que encara la estiguin fent. Amic doctorand la tesi és responsabilitat teva en una gran part. Però pensa que l'exit no és pot MAI mesurar per el nombre de papers que tens. Una tesi depèn del tema o sigui si els objectus estan ben definits i si estàs en un camp prolífic o no. També depèn del teu supervisor, és a dir, grau d'implicació i interès, l'ajuda que et dóna, com t'orienta, etc... I una mica també del teu entorn, és a dir condicions del laboratori, mitjans, presupost i podríem fins i tot valorar la teva situació personal. Lo únic que depèn de tu estimat colega és que ho donis tot si creus amb lo que estàs fent. Que la gran part que depengui de tu sempre la compleixis. I després la teva recompensa tindràs, la satisfacció de la feina feta.

Frase extreta del prefaci de la meva tesi:

"Learn from yesterday, live for today, hope for tomorrow. The important thing is not to stop questioning" Albert Einstein (German Physic 1879 - 1955)

Gràcies a tots els que vau ser-hi en cos i en ànima o en ànima només! ;)

Actuacions de la Guàrdia Urbana al Campus Sescelades

Benvolgut director del Diari de Tarragona,

Al Campus de Sescelades la comunitat universitària tenim un aparcament asfaltat on aparca tothom, és a dir, alumnes, doctorands i professors de la Universitat, més gent d’altres institucions que també aprofiten aquest aparcament, com les escoles dels voltants. A part, hi ha un parell de descampats, un just al costat de l’aparcament i un altre al costat del Institut Comte Rius. Però no n’hi ha prou. No tenim prou lloc i la gent estem aparcant allà on podem, evidentment, intentant no molestar a ningú.

El que realment és increïble i motiu de la meva carta és que, de tant en tant, la Guàrdia Urbana passa per la zona i es dedica a posar multes aleatòriament als cotxes que ells consideren que estan mal aparcats. Posen multes a cotxes que ocupen llocs on després durant un mes la gent seguirà aparcant, perquè no tenim més remei, fins que tornin a venir. De totes maneres és increïble que posin multes en una zona on no hi ha voreres definides, el voral no està senyalitzat, els carrils no estan pintats, no hi ha senyals de tràfic, hi ha hi ha encara innumerables zones per asfaltar o terrenys on estan fent obres des de fa temps. M’indigna encara més quan després, baixo cap a Tarragona i veig cotxes en doble fila o sobre la vorera per tot arreu i la Guàrdia Urbana passa pel costat com si res. Per posar un exemple carrer Pere Martell que passa de tenir 3 carrils a tenir-ne un a determinades hores de la tarda o Ramon i Cajal on hi ha gent aturada en trams on només hi ha un carril. Això si que molesta a la circulació. Aquí sí tenen que actuar. En canvi, venen a Sant Pere i Sant Pau a multar la comunitat universitària, que aparquem lo millor que podem ateses les circumstàncies.

Crec que la Guàrdia Urbana està sancionant un col·lectiu que no es caracteritza pas per causar problemes o per males actituds. Sinó per tot el contrari, som un col·lectiu que s’adapta a moltes situacions i treballa amb molta voluntat i tota la il·lusió no sempre en les millors condicions.

Atentament,

Carta al diari de Tarragona que vaig enviar recentment. Com que ja no he pogut controlar si l'han publicat o no, la publico jo en el meu blog. La que sí han pogut publicar és la d'un company de feina amb el títol 'Multas en el Campus Sescelades':

Multas en el Campus Sescelades

Un injusto suceso ocurrió en las inmediaciones del aparcamiento de la Facultad de Química i Enología. Tenemos un aparcamiento muy escaso para toda la comunidad universitaria, como este aparcamiento está desbordado, se aprovecha para ese fin unas zonas de tierra o descampados justo al lado, pero aún así no hay suficiente espacio.


El martes 11 de marzo de 2008, anunciaron por megafonía que los municipales estaban poniendo multas a los coches que entorpecían la calzada. La realidad es que como no hay suficiente aparcamiento para todos, se utiliza el arcén de tierra, ocupando ligeramente la calzada, pero la incongruencia es la siguiente: en esa zona no hay líneas en el asfalto que delimiten la calzada, ni señales que informen de la prohibición de aparcar en ese lado del arcén.

Lo que más me indigna es que luego en el centro de Tarragona, donde en ocasiones hay dos carriles, uno de ellos esté fuera de uso porque hay personas que han aparcado en doble fila, y es ahí donde verdaderamente hacen más falta las multas por mal aparcamiento.

Me da la sensación de que la Policía Municipal se ha cebado desproporcionadamente con el colectivo universitario en el Campus Sescelades.

David Pajuelo, Tarragona

Believe in me!

-Hi PhD student! I am the Manager of this Company. Welcome! I am going to do this interview with you. First of all, I will ask you about your work in your thesis...are you satisfied about the work you have done?

Perdoni sr Manager però podríem començar per una de més facileta?

-Ok, no problem. I understand that probably you are a little nervous...

No, no és ben bé això, és que no sabria que dir-li...

-Sorry, what?

Miri es que hi ha dies que sembla que estiguis fent la feina més maca del món i que estiguis descobrint el que mai ningú encara ha trobat...però hi ha d'altres en què ho engegaries tot a la merda i a més d'un que t'envolta també.

-Yes... but I guess that this is the life, perhaps this happens in all the jobs, isn't it?

Home que vol que li digui...el que fa la seva feina sense preocupacions de que d'un dia per l'altre no li canviin, o sense tenir que esperar dies i dies respostes de gent que no et té ni en el seu top ten de prioritats, o sense saber quin és el seu contracte i quins drets li pertoquen, per dir alguns exemples....deu anar més tranquil a treballar no?

-Of course, but I guess that this does not happen at the University...

T'en faries creus sr Manager ... Sap que dels més de 4 anys que porto només el darrer he tingut un contracte com deu mana, com la resta de treballadors. Sap vostè que et toqui o no fer docència acabes fen-ne igual perque, simplement, el que mana més ho diu?

-Ok...Let's talk about your thesis, we will get back to all this later. What were the objectives of your thesis?

Perdoni? em pot repetir la pregunta?

-Yes of course! I guess that when you began your thesis you knew beforehand your scientific objectives.

Doncs això deu ser un model antic..., perque jo tinc entès que quan s'arriba al final, un mira lo que bonament ha pogut fer, escriu la tesi i deixa per lo últim posar quin era l'objectiu.

-Then, you do not have an aproppiate way of work...here we work to achieve some objectives in the lesser time required. So we need people capable to work in a team, organize meetings, share information and contrast ideas, etc..

Doncs això sí que em sap greu...perquè jo sempre treballo sol.

-But whith this concept of how to work, did you get some results?

Cap ni un! Ara tinc molt projectes vius encara. Fins i tot tinc un article que ja ha anat a sis revistes i en l'última casi cola. A part d'això he anat a congressos i he conegut molta gent. Fins i tot he fet una estada a l'estranger, amb grans resultats, tot i que també segueixo esperant aviam si algun dia em diuen alguna cosa des d'allí i els publiquem.

-Ok...but perhaps you should know when something is going on or not?

Però perdoni, vostè no em deu haver escoltat....jo treballo sol, com haig de saber si algo no funciona, amb qui vol que ho discuteixi.

-But you have not any group meeting in the whole PhD thesis?

I tant! Els primers anys un cop a la setmana i eren força divertides, però tampoc parlàvem massa de ciència. Després ho vam deixar, a la gent no li anava bé. Més tard de tant en tant veia al meu jefe i ens saludàvem i ara últimament ens veiem i quedem perque jo li ensenyi alguna cosa sobre un llenguatge de programació. Tinc moltes anècdotes, vol que li expliqui alguna?

-No thank you! Perhaps in another ocasion. Now, I would like to talk about your preparation?

Doncs posat còmode, perque tinc dos carreres, un bon grapat de títols i cursos!

-And then...why did not get results in your thesis period? You have plenty of courses in your CV and two degrees. You did not applied your knowledge?

Homeeeeeee.......veurà...es que jo sóc bioinformàtic sap, però resulta que he fet química i bioquímica com a carreres i després el doctorat en nutrició i metabolisme. Vostè es preguntarà que té a veure tot això amb la bioinformàtica oi?

-Obviously....

Doncs poca cosa...així que he hagut de fer un fotimer de cursos, com per exemple, de programació. Vaja que de fet, més tard o més d'hora, coneixements he assolit en el meu tema. Però el cas és que un cop assolits...no tenia objectius, no hi havia idees, ni res planejat per mi.

-But then...if your group did not have ideas...then neither projects and money for the PhD students...

Ah no home no! Això va per un altre camí! Està vostè barrejant pomes amb figues! Una cosa són els projectes, les fonts de financement, tenir més doctorands i més tesis per dirigir per poder demanar encara més projectes i perque els professors augmentin el sou i una altre cosa és lo que faci el doctorand. Evidenment és una cosa que pasa a segon terme. No veu que fer les coses coherents i pensar idees a desenvolupar requereix més temps.

-I feel a little confused but...

Tranquil home, jo em sento així des de fa anys...i de moment encara sóc viu.

-Ok then, what do you think that you have learnt all this time?

Això és una pregunta difícil! He après moltes coses. Però la més important és que he après a viure i treballar sol. He après a inventar-me una feina i creure en ella fins les darreres conseqüències. Ah! I he adquirit una esportivitat increible! Sóc capaç d'anar cada dia a currar sabent que tot plegat és un desastre i està mal dirigit. I veure com al voltant hi ha gent que li va bé i altre que està com jo. Sóc capaç de veure injustícies, que em remouen l'estòmac, però somatitzar-les ràpidament i seguir treballant, tot creant un bon ambient de treball, per no ofendre a ningú.

-Oh this is good! In our enterprise we appreciatte that our employees like sports!

Sí això és el que jo deia...

-And the last question...at least for today... why do you wanna join us? And why do you think we should give you an opportunity?

Sr Manager...amb tot lo que li he explicat i encara i així he acabat la tesi...crec que es pot vostè donar per contestat.