dijous, 9 d’octubre de 2008

Voti, Voti, Voti ... Boticelli qui no voti!!!


Senyors i senyores faré la meva primera enquesta per aquest blog. Estic arrivant al final de la meva tesi doctoral. Se'm presenta davant el meu nas un gran dubte. Quin títol haig de posar-li? Sí sembla una tonteria però el cas és que tu vas fent feina però trobar una frase que pugui representar una sinopsi del que has fet és ben complicat. En línees generals podem dir que he estat treballant en genòmica bacteriana.

Però deixeu-me ficar-vos una miqueta en context. Al llarg de la tesi he treballt en forces conceptes relacionats amb l'estructura dels genomes procariotes. És a dir, l'organització que tenen els gens, les regions reguladores d'aquests, les regions que els separen, i altres sequències que conviuen en el DNA de una bacteria. També hi hagut temps per repassar les annotacions que es fan dels genomes procariotes un cop ja estan seqüenciats, és a dir qsi els genes estan ben localitzats en el cromosoma.

Anem per parts. Els origens de replicació en procariotes és únic en la majoria d'espècies i és on es produeixen una sèrie de processes que fan que es desenrotlli la cadena de DNA i comenci el procès de replicació del DNA. Normalment aquestes seqüències es troben en regions intergèniques i presenten unes seqüències patró que són reconegudes per unes proteïnes. Aquest és un pas clau en l'inici de la replicació bacteriana. Les regions intergèniques també contenen les regions reguladores dels gens. Per exemple, per la traducció dels RNA missatgers sembla que la majoria dels gens necessiten una regió reguladora situada abans del gen anomenada Shine-Dalgarno (SD) i descoberta al 1974 (Shine and Dalgarno, 1974). Aquesta és una regió reguladora que permet refinar les prediccions dels gens procariotes, ja que aquestà s'ha de situar a prop del codo d'inici dels gens. Arrel d'estudiar les zones intergèniques, també vam fer un cop d'ull als genes solapats. Doncs sí amics, hi ha un percentatge considerable de gens que solapen en el mon procariota. Se suposa que aquest fenomen té a veure en la compressió del DNA en genomes procariotes. On és situarien doncs les regions reguladores en aquests gens solapats? Quin tipus de gens solapen? Són preguntes que d'alguna manera s'intenten resoldre en aquesta tesi. A part de la presència o absència de la SD, hi ha alguna altre manera de veure si un gen està realment solapat i no és producte de una mala annotació dels seu inici o final?

Bé més o menys les quëstions que us he comentat aquí són les que surten per la tesi. Espero que hi participeu i m'ajudeu a trobar títol per la meva tesi. Ep! Que un llibre no s'escriu cada dia! Aquí a la dreta trobareu uns títols que més o menys podrien estar bé, però si no us convenç cap podeu opinar en els comentaris! Tota suggerència serà valorada! ;)

8 comentaris:

Asimetrich ha dit...

Puc proposar Computational Analysis of the structural genomics of Prokaryotes ? És la combinació que t'has deixat jejeje.

Tinc més propostes com "I am not John Pigeon but I cook it and I eat it" o "My supervisor must be kidding when signing this thesis"

A tot això, ja tens data?

Vallve ha dit...

Bon resum divulgatiu del que és la teva tesis, tot i que hi ha altres capítols que has fet i no els esmentes ...

Albertinho ha dit...

És veritat, és una bona combinació, la tindré en compte!jejeje!!! Ja has votat per això? O esperes per dir-m'ho en persona? La data serà crec que a principis de gener tal com van les coses.

Vallve no m'estiris de la llengua.... se suposa que ara al final de la tesi s'han d'explicar els triomfs i no les desgràcies no?

Pere ha dit...

He votat, però no em motiven els títols jo esperava que sortís alguna cosa del Darth Vader al títol, a la presentació posaràs la diapo, no? O com a mínim que reflecteixi el títol d'alguna peli ;)

Lidia ha dit...

alohaaa comput-man!!

ja he votaaaat!!...la veritat és que no m'he acabat de llegir el teu resum...upssss...però com ja me vas explicant el teu mundillo del TGA TTG i ATG...he pensat bueno...a por los titulosss que estava ansiosaaaaa!!!!jejeje....el títol que més m'ha agradat és el 4. Bé,el primer també està bé...ja mho rumiare millor...jeje..Però bueno...això al final ho decideixes tuuu!!!

Lidia ha dit...

dos segons més tard....jeje...el del in silico també m'agrada...jejeje...es que la tria es dificil...ejjeje...

Vallve ha dit...

Estic d'acord amb el Pere que els títols no motiven gaire. Podries posa4 quatre propostes més, després quatre més .... fer una semifinal i una final, no?? Això em sona una mica ....

Albertinho ha dit...

Això em sona vallvé! Per cert, quin has votat tu?