Tipus de variants genètiques

Les variants genètiques poden ser comuns o rares. Si prenem la definició estàndard, tot depèn de si aquestes estan en l'al·lel menys comú en la població en un 1% o en menys d'un 1%. En aquests darrers posts he parlat sobre variants genètiques només fent referència als canvis d'una base per una altre o els anomenats SNPs. De fet aquests són els més coneguts com a variants genètiques humanes i els que han sigut més àmpliament estudiats. Però, la veritat és que quan parlem de variants genètiques en humans s'inclouen les variacions d'un nucleòtid i les variants estructurals. Anem a veure esquematicament com són aquestes variacions:


Variants de només un nucleòtid (SNPs):

ATTGGCCTTAACCCCCCATTATCAGG
ATTGGCCTTAACCCTCCATTATCAGG

Variacions de només un dels 4 nucleòtids (A, C, T o G)

Variacions estructurals:

Insercions o deleccions:

ATTGGCCTTAAGATCCCCCATTATCAGG
ATTGGCCTTAA - - -CCCCCATTATCAGG

Un o més nucleòtids són presents en un genoma però no en d'altres.

Substitucions en bloc:

ATTGGCCTTAACCCCCATTATCAGG
ATTGGCCTTAACAGTGATTATCAGG

Generalment només formades per uns quantes bases, tot i que poden ser d'uns 80,000 nucleòtids de llargada. En aquest cas, una cadena de nucleòtids adjacents varia entre dos genomes.

Inversions:

ATTGGCCTTAACCCCCATTATCAGG
ATTGGCCTTAATGGGGGTTATCAGG

En una inversió l'ordre de les bases està invertit i és complementari en una secció del cromosoma. Un 20% dels humans del Nord d'Europa (o sigui una bona part de la gent que em rodeja últimamament) presenta una inversió de 900,000 nucleòtids en el cromosoma 17.

Variabilitat del nombre de còpies:

ATTGGCCTTAAGGCCCATTAAGGCCCATTAAGGCCCATTATCAGG
ATTGGCCTTAAGGCCCATT- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATCAGG

Sequències idèntiques o gairebe idèntiques són repetides en alguns cromosomes mentre que això no passa en d'altres. La còpia més llarga ha sigut identificada en el genoma del científic J. Craig Venter, amb una llargada de 2,000,000 de bases.

Les variants estructurals no es coneixen tant i no estan tant ben caracteritzades com els SNPs, però constitueixen entre un 9 i 25 milions de bases, o sigui entre un 0,5 i un 1% de la variació genètica humana. Respecte els SNPs s'ha estimat que deuen haver uns 11 milions al genoma humà, uns 7 millions amb una presència a l'al·lel menys comú de més del 5%, mentre que la resta tenen una presència a l'al·lel menys frequent entre un 1 i un 5 %. Es creu que de l'estudi dels 4 genomes estudiats individuals sequenciats fins ara, ja s'han trobat la majoria dels SNPs, els quals ja han estat dipositats en la base de dades dbSNP. Ara doncs, és interesant estudiar les relacions entre aquestes variants genètiques que poden contribuir a l'explicació de diversos fenotips (diferents alçades, malalties, pes, etc...). Cal destacar que per explicar aquests fenotips complexos es necessiten conéixer les funcions de certs gens, les interaccions entre aquests i les interaccions dels gens amb factors mediambientals. No només es feina de buscar una variant genètica dins un gen o en una regió reguladora que sigui la causant directa d'un fenotip.