divendres, 12 de febrer de 2010

Sequenciat un esquimal de fa 4,000 anys

 Aquest es el vuite genoma completament sequenciat que tindrem, el que significa mes dades per analitzar i comparar per la comunitat cientifica. La gent que majoritariament ha treballat en la sequenciacio d'aquest antic esquimal, son danesos que treballen per la Universitat de Copenhague, concretament per el CBS (Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, DK-2800 Lyngby, Denmark). Per tant, crec que per interes general i propi i per proximitat cal mencionar aquesta gran troballa.

De fet te coses curioses des d'un bon principi, ja que com be s'ha destacat en els mitjans es veu que els cientifics danesos havien estat buscant per Greenland alguna resta dels antics pobladors d'aquesta immensa illa. No van trobar res que els permetes sequenciar el genoma d'aquests, cap ungla, pel o cel.lula perduda que pogues ajudar. El fet es que al tornar aqui i lamentar-se de la seva mala sort, algu va suggerir de remanar les restes trobades feia uns 20 anys abans i dipositades en el museu nacional. Concretament, una bossa on hi havia residus varis, un d'ells una mata de pel que al principi s'havia cregut que era d'os pel seu gruix.

Total que van descongelar la mostra, van extreure el cabell d'aquest esquimal de Greenland de fa uns 4000 anys i van poder aillar i sequenciar el 80% del seu DNA. Ja s'han identificat mes de 350 mil polimorfismes (variants genetiques observades entre individus i entre poblacions), els quals un 6.8% son noves mutacions a estudiar. Comparant el genoma d'aquest individu amb els 7 genomes mes contemporanis, ja sequenciats, s'ha pogut veure que el mes semblant es l'asatic i que probablement aquesta tribu va emigrar des de la siberia cap a Greenland tot passant per Alaska abans que passesin per alla els primers natius americans o els mateixos inuits de Greenland. Aixo podia haver passat fa uns 5500 anys. Un dels majors problemes en el proces era evitar la contaminacio humana en la manipulacio de la mostra, ja que no es volia acabar sequenciant el DNA dels cientifics actuals enlloc del DNA del inuit, pero s'ha pogut estimar que aquesta nomes podria ser un 0.8% del total.

De l'analisi de la sequencia i els diferents polimorfismes que presenta ja s'ha pogut veure que aquesta persona va tenir els ulls marrons, els cabells gruixuts com els asiatics, era del grup sanguini A+ i que tenia tots els numeros de quedar-se calb. Que hagin trobat pel tallat d'ell indica que segurament va morir bastant jove i encara teni una bona melena. Un gran avenç en quan al proces de la sequenciacio ha sigut que el DNA s'ha extret de la part mitja del cabell, enlloc de l'arrel. Fins ara s'havia cregut que nomes de l'arrel es podia extreure el DNA. Pero s'ha vist que es pot extreure de mes enlla de l'arrel on les cel.lules queden protegides de bacteries per les fibres de queratina que les envolten.

A l'espera de la finalitzacio del projecte de sequenciacio de 1000 genomes, de moment ja tenim el vuite. I aquest ens ofereix noves possibilitats, ja que podem comparar els genomes contemporanis amb un d'antic i estudiar com han evolucionat, quins polimorfismes hi havien abans i quins hi ha ara. De fet, com he comentat abans, aquest genoma porta 6.8% de mutacions no conegudes que s'hauran d'examinar i veure si tenen algun clar fenotip associat. Tambe s'obre la porta a diferents estudis demografics, com es van originar les civilizacions que van poblar els diferents indrets de la terra milers d'anys enrere.

Source:

Nature 463, 757-762 (11 February 2010) | doi:10.1038/nature08835; Received 30 November 2009; Accepted 18 January 2010

5 comentaris:

Vainilla ha dit...

Com sempre...genial, cada vegada que llegeixo el teu blog aprenc una cosa nova i interessant.

Pere ha dit...

xaval, no calia que posessis la teva foto en aquest post jiji :P

Esta molt bé lo d'aquest nou genoma, saps si hi ha algun ftp on me'l pugui baixar?

Goblin77 ha dit...

Homeeee Vainilla t'has decidit a fer un comentari!!! jejejeje!! Moltes gracies per llegir-me! ;) Ja veus vaig escribint coses que a mi me sorprenen, el blog es un bon lloc per anar guardant-les!

Per pensaba que estaves enterrat en neu jejeje!!! M'alegro de saber que encara ets viu! ;)
Ja sabia que algun capullo em diria lo de la foto! :D
Doncs lo del ftp ja estare a l'aguait aviam si diuen com podem accedir a les dades.

zel ha dit...

Interessant i molt especial...la gent de per alla dalt, conec alguna cosa sobre els inuit, em tenen el cor robat...

Goblin77 ha dit...

Hola Zel, m'alegro de veure't per aqui un altre cop! ;)

Doncs aquests podrien ser de una civilitzacio previa als Inuits! Son provinents de l'Asia i van passar cap a Greenland a traves d'Alaska i creuant el estret de Bering.

Es sempre curios saber lo que va passar a la terra fa 4,000 anys, no?